El Servicio de Toxicología trabaja sobre la base de un protocolo de actuación y bajo medidas de seguridad y control para garantizar la cadena de custodia de las muestras remitidas cuyo resultado tenga destino judicial. Para ello cuenta con un libro de registro de entrada de muestras y seguimiento de procesos en el que, desde la entrada de la muestra pasando por cada manipulación que sufra la misma y hasta la emisión del informe final, se registra cada actuación y el responsable de la misma, así como el lugar donde en cada momento está la muestra almacenada. Finalizada la actuación pericial se garantiza el depósito, en condiciones óptimas, de las muestras sobrantes en previsión del posible análisis o prueba contradictoria.